2026-10-11T10:12:12Z https://www.scidb.cn/oai

10.57760/sciencedb.21135 2025-04-23T08:56:13Z

2025-04-23 Genome Sequencing and Mitochondrial Genome Analysis of Pseudacanthops lobipes doi:10.57760/sciencedb.21135 en 使用 Illumina NovaSeq 平台和双端测序 （PE150） 对 Pseudacanthops lobipes 基因组进行测序，共产生 17,684,337 个高质量干净读数，相当于 5.3 Gb 的数据。数据质量非常好，Q20 和 Q30 评分分别为 96.13% 和 90.01%，GC 含量为 36.79%。线粒体基因组组装后，获得了长度为 15,385 bp 的环状基因组，GC 含量为 23.46%。注释结果显示，线粒体基因组包含 13 个蛋白质编码基因 （PCG）、22 个 tRNA 和 2 个 rRNA（表 6），与昆虫线粒体基因组典型的保守结构一致。所有基因沿基因组以环状方式排列，正向和反向编码基因都遵循规则的分布模式。密码子使用偏倚分析表明终止密码子 UAA （RSCU = 1.69） 和丙氨酸密码子 GCU （RSCU = 1.75） 的频率显着更高，表明线粒体基因表达可能受到翻译效率自然选择的影响。基因组的总体 AT 含量为 76.54% （AT 偏斜 = -0.012），蛋白质编码区的 AT 偏斜为 -0.140，表明偏向滞后链上的胸腺嘧啶 （T）。Ka/Ks 分析显示，所有 PCG 的 Ka/Ks 值都小于 1 （例如，CYTB 基因 Ka/Ks = 0.104，p < 1e-180），表明强纯化选择作用于这些基因。由全基因组序列数据构建的最大似然系统发育树显示，Pseudacanthops lobipes 与参考物种 KX434843.1 （可能是一个密切相关的物种）紧密聚集。Synteny 分析 （Mauve 比对） 显示高度保守的基因组结构，只有少数区域表现出局部重排，支持其分类学分类的稳定性。这项研究为梭子棘（Pseudacanthops lobipes）的线粒体基因组结构和进化动力学提供了有价值的见解，有助于我们了解其系统发育 Mitochondrial Genome; Pseudacanthops lobipes; Genome Sequencing LuoYao JinZhenyu PUBLIC https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/ dataset Science Data Bank