2026-10-14T15:12:02Z https://www.scidb.cn/oai

10.57760/sciencedb.24410 2025-04-29T09:52:06Z

2025-04-29 The gut microbiota data of hyperuricemia by influence of fucoidan doi:10.57760/sciencedb.24410 en 收集新鲜粪便样品，立即在液氮中冷冻，并在 -80 °C 下保存。 从每组随机选择的 5 只小鼠的粪便中提取基因组 DNA。扩增 16S rRNA 基因的 V3-V4 区，所得产物储存在 Majorbio Bio-Pharm Technology Co. Ltd.。使用 Illumina MiSeq 平台进行测序，并使用 QIIME2 数据分析工作流程或 Vsearch 软件进行序列去噪或作分类单元 （OTU） 聚类。使用 Majorbio Cloud 平台对肠道微生物群进行生物信息学分析。计算 α 多样性指数以评估细菌的丰富度和均匀度。采用加权主坐标分析 （PCoA） 来可视化组间肠道微生物群落结构的差异，并在 Bray-Curtis 上进行差异以确定组间的统计显着性。此外，线性判别分析 （LDA） 效应大小 （LEfSe） 用于识别显著富集的细菌类群。 PICRUSt2 （Phylogenetic investigation of communities by Reconstruction of Unobserved States） 用于基于 OTU 代表性序列预测宏基因组功能。KO、通路和酶 （EC） 信息来自京都基因与基因组百科全书 （KEGG） 通路数据库，并根据 OTU 丰度计算每个功能类别的丰度。 2.9 16S rRNA amplicon sequencing and analysis; Phylogenetic Investigation of Communities by Reconstruction of Unobserved States; Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes; principal coordinate analysis Rongshuang Han PUBLIC https://creativecommons.org/licenses/by-nc/4.0/ dataset Science Data Bank